Las universidades, deben atender la dimensión educativa, siendo clave en nuestro caso, la actualización en la Informática Médica. Nuestro objetivo fue analizar los programas vigentes de dicha asignatura en cuanto a la introducción del Software Libre y describir el nivel de desempeño de los educandos  por la formación recibida con la migración hacia dichos softwares. Se realizó un estudio cualitativo de tipo exploratorio – descriptivo  transversal sobre la población de los estudiantes de 1er año matriculados en la carrera de Medicina de los cursos 2010 - 2011 y 2011 - 2012.  Se utilizó el análisis documental y la técnica del P.N.I. para la obtención de los datos, aplicando el método fenomenológico y se categorizaron mediante el análisis de contenido. Se plantea que el programa actual muestra posibilidades acordes con la utilización del software libre, adicionándose el tema de búsquedas utilizando las bases bibliográficas que nos brinda Infomed, algo que no se encontraba en los contenidos del programa anterior. Se describen los aspectos positivos, negativos e interesantes observados por los educandos en el desarrollo del nuevo programa. Se concluye que, además de estar acorde con la política de migración de nuestro ministerio, el nuevo programa adiciona el tema de la búsqueda de información mediante las bases bibliográficas y se pudo constatar que hubo una aceptación general por parte de los educandos ante el cambio instructivo, a pesar de los aspectos negativos expresados en el trabajo.